Quinze garçons âgés de huit à quatorze ans, tous pensionnaires d'un collège nommé Chairman de Nouvelle-Zélande, se retrouvent sur le Sloughi qui dérive et fait rapidement naufrage sur une île déserte du Pacifique. Peu à peu, en compagnie du mousse, seul membre restant de l'équipage du navire, leur vie s'organise et s'améliore, mais des rivalités se font de plus en plus sentir dans la communauté des quinze rescapés. Une scission est sur le point d'avoir lieu quand des bandits abordent le rivage, obligeant les enfants à utiliser toute leur force de cohésion pour les affronter. Ils arrivent sur l'île, le 10 mars 1860, et repartent, le 5 février 1862, d'où le titre de Deux ans de vacances. Ils atteignirent Auckland en Nouvelle-Zélande, le 25 février 1862.
Jules Verne se lance dans l'écriture de ce roman car son projet est de parfaire le cycle [des robinsonnades] : il restait à montrer une troupe d'enfants de huit à treize ans, abandonnés dans une île, luttant pour la vie au milieu des passions entretenues par les différences de nationalité .